石峁壁画使用的颜料一般来源于天然矿物，像铁红、铁黄、炭黑等等。对于地处黄土高原的石峁遗址来说，这3种颜色获取相对容易的，但是绿土颜料的来源充满了神秘。
经分析，绿色颜料一般由绿磷石、海绿石、绿锥石、绿泥石等组成。其中，以绿磷石和海绿石为主。一般认为，海绿石是在水深100-300米的浅海环境中有蒙脱石存在的情况下，经过漫长岁月缓慢沉积形成。但石峁遗址所处的地域距离海洋较远，绿土颜料的出现，揭示出当时石峁人的活动区域较大，不同地域的文化主体之间存在着物品交换情况。
经过专家推断，石峁先民使用的绿色颜料很有可能是通过交易得来的。从时间上来看，绿土在古代作为绿色颜料使用集中在公元3世纪以后，也正因此，石峁壁画中有关绿土颜料的发现是目前所知道的最早的应用实例。